Na prostoru NP Durmitor postoji pet osnovnih ekosistema: ekosistem visokoplaninskih pašnjaka i kamenjara, ekosistem stijena i litica, ekosistem četinarskih šuma, ekosistem listopadnih šuma i vodeniekosistem.

Ekosistem visokoplaninskih pašnjaka i kamenjara 

Obuhvata praktično sve planinske vrhove Durmitora iznad gornje šumske granice.Ovaj biotop karakteriše se i travnatim zajednicama koje idu u visinu postepeno, bivaju oskudni i prelaze u kamenjare; mjestimično postoje i veće ili manje sastojine bora krivulja, a na najvišim vrhovima Durmitora javljaju se i trajni snježnici.

Fauna ove zone karakteriše se prisustvom tzv. glacijalnih relikata, odnosno vrsta alpske i nordijske zone. Karakteristični predstavnici životinjskog svijeta ovog biotopa su iz faune sisara.

Najkarakterističniji i najpoznatiji predstavnik je divokoza. Od ostalih životinja mogu se naći zec i više vrsta miševa: žutogrli miš, šumski miš, dugorepi pacov, potom rovčice: mala rovka, šumska rovka, alpinska rovka, vodena rovka, poljska rovka. Faunističkim raritetom može se smatrati prisustvo slijepog kučeta.

Fauna ptica je brojna i bogata. Karakteristični predstavnici su glacijalne vrste, a ima i grabljivica. Od glacijalnih vrsta prisutne su: snježna zeba, planinski popić, ušata ševa, planinska trepetljika, obična crvenorepka, obična bjelka i dr. Nalaze se u periodu seoba i druge vrste kao: livadska i stepska trepetljika, travarke, strnadice i dr. Od grabljivih ptica ovo područje nastanjuje obična vjetruška, a tu se hrani i suri orao i bjeloglavi sup.

Fauna gmizavaca i vodozemaca je siromašna sa malo predstavnika. Tipičan je planinski gušter, endemični mosorski gušter, a od vodozemaca praktično je jedini predstavnik planinski mrmoljak koji naseljava veće ili manje lokve i jezera u visokoplaninskoj zoni.

Ekosistem stijena i litica

Ovdje spadaju mozaično raspoređene litice i krupne stijene na čitavom području Parka. Ovaj biotop se karakteriše jedino prisustvom rijetkih vrsta ptica koje se ovde gnijezde. To su u prvom redu suri orao, zatim obična vjetruška i bjeloglavi sup. Litice su stanište gavrana, obične čavke, žutokljune galice i rijetke, lijepe ptice puzgavca.

Ekosistem četinarskih šuma

Obuhvata veće i manje komplekse četinarskih šuma, gdje dominiraju jela i smreka.  Najljepše sastojine četinara nalaze se oko Crnog jezera, Mlinskog potoka i Zminjeg jezera. Najkarakterističniji predstavnici faune su ptice i to veliki tetrijeb, lještarka, djetlić, sjenica i neke zebe. Karakterističnih primjeraka ostale faune nema jer i krupni sisari (vuk, lisica, srna, jazavac i sl.) i sitni (glodari), praktično gravitiraju šumskim sastojinama uopšte, dajući čak prednost lišćarima u većini slučajeva.

Ekosistem listopadnih šuma

Ovaj biotop naslanja se na četinarske šume, a u nižim položajima često zajedno čine mješovite sastojine. Fauni listopadnih i mješovitih šuma pripadaju skoro svi naši krupni sisari. To su srna, medvjed, vuk, lisica, zec, jazavac, obje vrste kuna, lasica, itd. Brojno je i naselje sitnih glodara od kojih je najkarakterističnija vjeverica i vrste šumskih miševa. Fauna ptica je brojna i bogata vrstama. Tipične su grabljive ptice (mišar, jastreb, kobac). Od sjenica presutne su velika sjenica i siva sjenica i rijetka planinska sjenica. Od ostalih ptica prisutne su zebe, obična strnadica, lilfordov djetlić, zelena i siva žuna, crnoglava grmuša, čevrljinka, obični i šumski zviždak, crni kos, drozd imelaš, drozd pjevač, crvendać, slavuj. Fauna gmizavaca i vodozemaca je siromašna i malobrojna. Na ovom prostoru mogu se naći obični smuk, šarka, poskok i zidni gušter. Vodozemci su zastupljeni šarenim daždevnjakom. U lokvama žive mrmoljci, a pojavljuju se i žabe (mrka žaba i žaba krastača).

Vodeni ekosistem

Razlikuju se dva tipa vodenih biotopa: visokoplaninska jezera i vodeni tokovi.

Od ihtiofaune, u jezerima su registrovane četiri vrste: potočna pastrmka, jezerska zlatovčica, kalifornijska pastrmka i gaovica. Durmitorska jezera nemaju autohtonu ihtiofaunu, tako da su sve navedene vrste introdukovane. U Tari živi 8 vrsta riba i sve su autohtone za ovo područje: potočna pastrmka, mladica, lipljen, potočna mrena, skobalj, jelsovka, gaovica i peš.

Na jezerima i u neposrednoj okolini ima nekoliko ornitoloških zanimljivosti. To je gniježđenje nekoliko parova divljih pataka, posebno na Vražjem, Ribljem i Zminjem jezeru. Na Zminjem jezeru se gnijezdi i omanja, ali redovna populacija malog gnjurca. Veći značaj za močvarne ptice imaju jezera u vrijeme seobe kada se na njima odmaraju brojne selice. Karakteristične su patke iz rodova Aythya i Pucephala. Za vrijeme seobe na vlažnim livadama oko jezera i bara nalazi se veći broj ptica iz reda Charadriformes.

Rijeka Tara, kao kanjonski tok odlikuje se relativno siromašnom ornitofaunom vodenih ptica. Karakteristični predstavnik je vodomar i vodeni kos. Ostale ptice potiču iz okolnih šuma, a sastav njihovih populacija je izmijenjen zbog uticaja kanjonskih uslova.