Dominantna karakteristika područja Prokletija je bogatstvo i raznovrsnost flore i faune, tako da Prokletije predstavljaju ne samo centar visokoplaninskog diverziteta Balkana, već i centar biodiverziteta od evropskog i svjetskog značaja.

• Zastupljeni su brojni ekosistemi na sniježnicima, planinskim rudinama, silikatima, krečnjacima i dolomitima u najvišim zonama Prokletijskog masiva. Brojne su  prirodne šumske zajednice lišćara i četinara, zajednice degradacionih stadija klimatogenih ekosistema, livada i pašnjaka i antropogenih polupustinja i pustinja.

• Šume su jedno od najznačajnijh prirodnih bogatstava. Najrasprostranjenije su visoko-ekonomske šume (44%), koje mjestimično imaju prašumski karakter, zatim zaštitne (34%) i na kraju šikare i niske šume. Karakteriše ih vertikalna zonalnost. Na hrastove šume nižih djelova nastavljaju se bukove, pa mješovito bukovo-jelove šume. Na njih se nadovezuju čiste ili miješane smrčeve šume. Iznad njih su reliktne šume munike, kao i mješovite sastojine munike i molike. Gornju šumsku granicu formira bor krivulj.

• Flora crnogorskih Prokletija u velikoj mjeri ima karakter srednjoevropske flore sa značajnim učešćem arkto-alpijskih i submediteranskih elemenata. Veliki broj vrsta su endemične, endemoreliktne, reliktne, rijetke, a mnoge vrste su  ljekovite i medonosne.

• Na teritoriji Parka registrovano je preko 1.700 vrsta biljaka, što predstavlja 1/2 flore Crne Gore, ili nešto oko 1/5 ukupne balkanske flore. Izdvojeno je 40 tipičnih biljnih zajednica. Visokoplaninska flora pokazuje osobine drevne flore i karakteriše je veliki broj drevnih tercijernih florogenetskih tipova alpskog (Wulfenia blecicci, Anemone narcissiflora, Pinus peuce i dr.), i oromediteranskog karaktera (Potentilla alpina,  Pinus heldreicheii i dr.).

• Endemi u Nacionalnom parku: Achillea abrotanoides(Vis.)Vis., Euphorbia montenegrina (Bald.)K.Maly, Verbascum scardicolum Bornm., Crocus dalmaticus Vis., Euphorbia glabriflora Vis., Orobanche pancicii Beck, i dr. Najznačajnija grupa su lokalni endemi kao što su: Draba bertiscea, Pedicularis ernestimayeri,  Hieracium bertisceum i dr.